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SGS
『ゴジラ×メガギラス G消滅作戦』に登場。特別G対策本部（特G対）が開発したゴジラ自動追尾装置。SGSとはSearching Godzila Systemの略。日本周辺海域で、常時ゴジラ警戒をしている以外にも、万能戦闘機グリフォンにも搭載されている。
工藤元によって独自に小型のものも製作され、水没した渋谷の水中探査に使用された。
α号
『緯度0大作戦』に登場。マッケンジーが保有する万能潜水艦で普段は「緯度0」のドッグに停泊している。1805年6月21日にスコットランドで進水した。以後150年以上にわたるマリク率いる黒鮫号との戦いに供されている。当初は単なる潜水艦であったが、黒鮫号との戦闘の度に装備が追加されており、劇中では飛行能力も追加して海空を行く万能潜水艦となっている。自動化もかなり進んでおり、クルーは艦長マッケンジーと助手の甲保、バートン船医のみで、操縦はモニターを見ながら行なう。
デザインは井上泰幸による。原作では「Ω号」で、デザイン画にも踏まえられていたが、時計の商標と重なるために変更された。
全長：100ｍ
重量：8000t
速度：50ノット（水中）/マッハ1（空中）
装備：
ミサイル発射管
レーザー砲
電子バリアー展開装置
急速浮上/潜行ノズル
] 巡洋艦あいづ
『ゴジラ・モスラ・キングギドラ 大怪獣総攻撃』に登場。防衛海軍所属の最新鋭汎用巡洋艦。艦番号は47（CG47はタイコンデロガである）。
外観はタイコンデロガ級の艦橋下部をこんごう型護衛艦のものとすげ替えたような艦影。イージスシステムの中核たるAN/SPY-1フェーズドアレイレーダーの意匠もそれら通りに備わるが、VLSを持たず、各種誘導弾は台湾やスペインの一部艦艇にみられるように、本来アスロック用のMK112 8連装発射機に混載される。
特殊潜航艇さつまを3隻搭載し、ヘリの搭載も可能である。同型艦に《あこう》《わかな》があるが、《あこう》はゴジラの熱線により爆破され、《わかな》《あいづ》も被弾する。劇中、立花准将がゴジラ邀撃作戦の陣頭指揮をとるために乗り込んだ。
全長：175メートル
重量：5300トン（基準排水量なのか満載排水量なのかは不明）
兵装
MK112八連装発射機×1
アスロックSUM
ハープーンSSM（弾頭部に推進式削岩弾D-03搭載可能）
MK45mod2単装砲×2
MK15ファランクス20mmCIWS×2
『ゴジラ×モスラ×メカゴジラ 東京SOS』には、巡洋艦《あいづ》のプロップ（撮影用のミニチュア）を改装した海上自衛隊護衛艦DD147《あいづ》が登場しているが、こちらは潜航艇《さつま》級の搭載が無く、細部が異なる以外は巡洋艦《あいづ》とほぼ同様である。
あかつき号
『メカゴジラの逆襲』に登場。海洋開発研究所所属の海洋調査艇。海底調査用の音波測定器を搭載している。一号は沖縄に沈んだメカゴジラの残骸を調査している最中にチタノザウルスに襲われて沈没した。その後チタノザウルスを調査するために、改良した音波測定器を搭載した二号が開発された。
黒鮫号
『緯度0大作戦』に登場する、マリクが保有する潜水艦。150年以上にわたるマッケンジーとの戦いに用いられている。水中速度はα号よりも速いが、電子バリアーを装備しないため、緯度0の電子バリヤーを突破できないという欠点を持つ（α号は自らの電子バリヤーで突破できる）。当初、マリクは黒鮫号を「黒い蛾」に任せていたが、失敗が続くために「黒い蛾」をグリフォンに改造し、自ら黒鮫号に乗り込みマッケンジーに挑んだが･･･
艦名の「黒鮫」は原作の「シャーク号」が基になっている。海外版でも「ブラック･シャーク」という名になっている。
全長：114m
重量：9000t
速度：α号以上
装備：
追跡ミサイル発射管 x2
電子砲（通常の大砲にもレーザー砲にもなる複合砲） x2
さつま
『ゴジラ・モスラ・キングギドラ 大怪獣総攻撃』に登場。防衛海軍所属の潜航艇。原子力潜水艦の沈没事故での作業を想定して開発されたため放射能遮蔽機能を有している。「巡洋艦あいづ」等の艦艇に搭載可能。
全長：6メートル
重量：880トン
必要に応じてMk17魚雷または推進式削岩弾D-03を搭載可能。
シーホーク号
『キングコング対ゴジラ』に登場。国連所属の原子力潜水艦。水温が上昇した北極の調査に向うが、光る氷山の中から現れたゴジラによって沈められた。外観はジョージ・ワシントン級原子力潜水艦に類似している。
同盟国攻撃型潜水艦
『世界大戦争』に登場した同盟国側の潜水艦。第二次世界大戦時の潜水艦と同型の艦体をしている。軍事演習に乱入した連邦国攻撃型潜水艦を2隻で追跡した。
むさし2号
『ゴジラvsキングギドラ』に登場。巨大企業帝洋コンツェルンが極秘で所有していた原子力潜水艦で核ミサイルを搭載している。常時は東南アジアの軍事施設に保管され、乗組員は軍事訓練を受けた帝洋社員が搭乗している。未来人の策謀により、ベーリング海に転送された「ラゴス島の恐竜（＝ゴジラザウルス）」をゴジラとして復活させようとしたが、同海域で起きた原子力潜水艦の沈没事故による核燃料漏れにより怪獣として復活していたゴジラに遭遇し撃沈され、ゴジラは更に核エネルギーを吸収、強大化した。なお、劇中では《むさし》の名は使われず、「オペレーションG」と呼ばれていた。ちなみに、小説版での艦名は帝洋コンツェルン総帥・新堂靖明の名をもじった《神童》であった。
連邦国攻撃型潜水艦
『世界大戦争』に登場した連邦国側の潜水艦。涙滴型の艦体上面が平滑になっており、SLBMを搭載していると思われる。北大西洋で行なわれた同盟国陣営の軍事演習に乱入したために追跡され、防潜網に引っかかって拿捕された。